目的探讨血清同源盒基因C9(HOXC9)在肝细胞癌（HCC）患者中的表达及其对预后的评估价值。方法选取2020年3月至2021年2月于南京医科大学康达学院附属连云港东方医院就诊的79例HCC患者（HCC组）和72例良性肝病患者（良性肝病组）作为研究对象。另选取同期在该院75例体检健康者作为健康对照组。采用酶联免疫吸附试验法对血清HOXC9水平进行检测，采用化学发光法对血清甲胎蛋白（AFP）水平进行检测。分析血清HOXC9水平与HCC患者临床病理特征的关系，并采用Kaplan-Meier生存曲线分析血清HOXC9水平与HCC预后的关系，绘制受试者工作特征曲线分析其诊断效能。结果HCC组HOXC9和AFP水平明显高于良性肝病组和健康对照组，差异有统计学意义（P<0.05）。HOXC9阳性组与肿瘤分化程度、TNM分期、血管浸润和淋巴结转移有关(χ 2=4.521、3.526、2.758、3.787，均P<0.05)。HOXC9阳性组患者3年生存率为64.71%(44/68)，阴性组患者3年生存率为81.82%(9/11)。Kaplan-Meier生存曲线分析显示，HOXC9阳性组患者3年生存率低于HOXC9阴性组，HOXC9阳性组患者预后更差，差异有统计学意义(χ 2=5.367，P<0.05）。Cox 多因素分析结果显示：病灶个数多发、有血管浸润、TNM分期Ⅲ~ Ⅳ期和HOXC9≥100 mAU/mL是影响HCC患者预后不良的独立危险因素。HOXC9 和AFP联合检测的曲线下面积为0.946 (95%CI:0.876~0.979)，显著高于单项检测，差异均有统计学意义(Z=0.871、0.511，P<0.05)。结论血清HOXC9水平检测有助于评估HCC患者预后，可作为HCC患者预后判断的生物标志物。