目的探讨三阴性乳腺癌患者癌组织中Runt 相关转录因子3（RUNX3）及连接黏附分子A（JAM-A）表达变化及与疾病预后的相关性。方法选取2016年1月至2018年3月在新疆维吾尔自治区人民医院确诊的三阴性乳腺癌患者60例作为研究对象，收集患者乳腺癌组织及癌旁组织，通过实时荧光定量PCR及酶联免疫吸附试验检测并对比癌组织、癌旁组织中RUNX3、JAM-A转录水平及蛋白水平。对比不同临床病理特征三阴性乳腺癌患者癌组织中RUNX3及JAM-A转录水平及蛋白水平。采用Spearman相关性分析三阴性乳腺癌患者癌组织中RUNX3、JAM-A表达与患者不良预后的相关性。结果三阴性乳腺癌患者癌组织中RUNX3 转录水平显著低于癌旁组织，JAM-A转录水平显著高于癌旁组织，差异有统计学意义(P＜0.05)。三阴性乳腺癌患者癌组织中RUNX3 蛋白水平显著低于癌旁组织，JAM-A蛋白水平显著高于癌旁组织，差异有统计学意义(P＜0.05)。不同肿瘤最大径、TNM分期及淋巴结转移情况的三阴性乳腺癌患者癌组织中RUNX3及JAM-A转录水平比较，差异有统计学意义(P＜0.05)。不同肿瘤最大径、TNM分期及淋巴结转移情况的三阴性乳腺癌患者癌组织中RUNX3及JAM-A蛋白水平比较，差异有统计学意义 (P＜0.05)。Spearman相关性分析表明，三阴性乳腺癌患者癌组织中RUNX3转录水平及蛋白水平与不良预后呈负相关，JAM-A转录水平及蛋白水平与不良预后呈正相关(P＜0.05)。结论三阴性乳腺癌患者癌组织中RUNX3表达显著下调、JAM-A表达显著上调，且与患者预后均存在一定相关性，RUNX3及JAM-A可能是三阴性乳腺癌发生、发展过程中的重要调控因子。