目的探究单分子实时测序（SMRT）技术在α珠蛋白基因三联体(简称α三联体)及其复合变异等位基因鉴定中的临床应用效果。方法收集α三联体阳性样本36例，其中经PCR-导流杂交技术确认28例、经高通量测序（NGS）技术确认8例。36例样本包含α三联体复合变异顺式或反式排列未明样本ααα anti4.2复合α CSα 2例，ααα anti4.2复合-α 3.7 10例，HKαα/-- SEA型待确证2例，均采用SMRT技术进行地中海贫血（简称地贫）基因检测。另招募一个基因型为ααα anti4.2复合-α 3.7变异病例的家系，包含先证者（Ⅱ-1）和其父亲（Ⅰ-1）、母亲（Ⅰ-2），采用PCR-导流杂交和SMRT技术进行地贫基因检测。结果SMRT技术检测结果显示，36例样本中共检出35例α三联体，1例αααα anti4.2型α珠蛋白基因四联体（简称α四联体）。2例ααα anti4.2复合α CSα变异样本中ααα anti4.2与α CSα均为反式排列，基因型为ααα anti4.2/α CSα，10例ααα anti4.2复合-α 3.7变异样本中ααα anti4.2与-α 3.7为顺式排列样本9例，基因型为HKαα/αα，ααα anti4.2与-α 3.7为反式排列样本1例，基因型为ααα anti4.2/-α 3.7。相较PCR-导流杂交技术，SMRT技术多检出1例大片段缺失型β珠蛋白基因变异和2例未知变异，阳性检出率提高10.71%（3/28）。家系分析表明，先证者（Ⅱ-1）ααα anti4.2和-α 3.7变异均遗传自母亲（Ⅰ-2），其基因型为HKαα/αα，与SMRT技术检测结果一致。结论SMRT技术不仅能够准确检测α三联体、α四联体及其复合变异等位基因，而且具有高准确性、一步到位识别2种变异顺式或反式排列、地贫基因变异覆盖全等优势，具有良好的临床应用价值。