目的探讨支气管肺泡灌洗液（BALF）宏基因组二代测序（mNGS）对儿童肺部感染的病原体诊断价值。方法分析2023年3月1日至2024年3月1日在甘肃省妇幼保健院住院治疗的109例肺部感染患儿的临床资料，比较患儿BALF mNGS与常规微生物学检测（CMT）结果。结果109例患儿BALF mNGS检出率（96.3%）高于CMT（66.1%），差异有统计学意义（P＜0.01）；BALF mNGS共检出280株病原菌，CMT共检出130株病原菌，mNGS能够检测出更多的病原体，尤其对病毒的检出率远高于CMT；在70例mNGS与CMT双阳性样本中，42例mNGS与CMT结果完全或部分匹配，匹配样本中48%为流感嗜血杆菌，19%为肺炎支原体，17%为肺炎链球菌；分析重症肺炎患儿BALF mNGS的病原菌特征发现，重症肺炎患儿的流感嗜血杆菌、副流感病毒及人偏肺病毒检出率均高于非重症肺炎患儿，差异有统计学意义（P＜0.05）；比较出生信息为足月正常体重儿与早产低体重儿BALF mNGS检测结果发现，早产低体重儿的铜绿假单胞杆菌mNGS检出率高于足月正常体重儿，且早产低体重有合并症患儿的铜绿假单胞杆菌mNGS检出率高于早产低体重无合并症患儿，差异均有统计学意义（P＜0.05）；足月正常体重儿肺炎支原体mNGS检出率高于早产低体重儿，且足月正常体重无合并症患儿的肺炎支原体mNGS检出率高于足月正常体重有合并症患儿，差异均有统计学意义（P＜0.05）。结论BALF mNGS对于肺部感染患儿具有较高的微生物检测阳性率，尤其对于重症感染及复杂病例，BALF mNGS是常规病原学检测的重要补充。