目的建立微滴式数字PCR（ddPCR）检测结直肠癌（CRC）的Septin9基因甲基化的方法，并对其性能进行评价。方法针对Septin9基因甲基化设计特异的引物与探针，并优化ddPCR检测Septin9基因甲基化反应条件，包括反应的引物与探针浓度、退火温度与循环数，建立ddPCR检测Septin9基因甲基化检测方法。通过检测甲基化标准物质及临床标本，评价所建方法的线性、灵敏度、特异度、精密度、准确度及临床诊断准确性。结果ddPCR检测Septin9基因甲基化反应的最优引物与探针浓度分别为500 nmol/L与200 nmol/L，最佳退火温度为56 ℃，最佳循环数为45次。线性试验表明，在5~10 4拷贝/反应内，线性表现良好。ddPCR检测Septin9基因甲基化浓度预设检出限为0.422%，且能特异识别Septin9基因甲基化阳性质控品。精密度评价中，高浓度和低浓度参考品的实验室变异系数分别为1.340 0%与3.330 0%，满足相关要求。准确度试验结果显示，3个批次的甲基化质控样品10次重复检测的阳性符合率和阴性符合率均为100%。临床标本检测结果显示，ddPCR检测Septin9基因甲基化对CRC组的灵敏度为82.61%（95%CI 66.10%~99.10%），特异度为78.38%（95%CI 65.20%~91.60%），曲线下面积为0.881 3（95%CI 0.784 0~0.978 6）。结论该研究建立的ddPCR检测CRC的Septin9基因甲基化的方法具有较高的灵敏度、特异度、精密度、准确度及临床诊断准确性，可为CRC的早期诊断和监测治疗提供可靠的技术手段。