目的探讨疑似中枢神经系统（CNS）感染患者脑脊液PCR病原体检测结果与临床特征的关系。方法选取2022年8月至2023年12月新疆医科大学第二附属医院收治的疑似CNS感染患者140例为研究对象，收集所有患者临床资料，并对其进行脑脊液常规检查，采用多重PCR检测技术检测患者脑脊液中病原体。最终确诊CNS感染的患者根据PCR检测结果分为PCR阳性组和PCR阴性组，将非CNS感染患者设为对照组，比较3组患者临床实验室资料。采用Upset图归纳PCR阴性CNS感染患者临床特征，Logistic回归分析临床特征与PCR阴性CNS感染的关系。结果140例患者最终96例确诊CNS感染，96例CNS感染患者中有56例PCR阳性，据此分为PCR阳性组（56例）、PCR阴性组（40例）和对照组（44例）。3组发热时间、脑膜刺激征、脑电图重度改变、意识障碍比例、脑脊液白细胞数、脑脊液蛋白量及颅脑CT异常征象比较，差异有统计学意义（P<0.05）；PCR阳性组脑膜刺激征比例、脑脊液白细胞数、脑脊液蛋白量、脑电图重度改变比例高于PCR阴性组，差异有统计学意义（P<0.05）； Upset图显示，PCR阴性CNS感染患者最常见的临床特征主要集中在脑脊液白细胞数>50×10 6/L、脑电图重度改变、脑脊液蛋白量>0.2 g/L、脑膜刺激征及发热时间>4 d；Logistic回归分析显示，脑膜刺激征（OR=7.040）、脑脊液白细胞数（OR=1.323）、脑脊液蛋白量（OR=8.989）、脑电图重度改变（OR=16.667）与PCR阴性CNS感染有关（P<0.05）。结论早期PCR阴性的患者可通过判断其临床特征来预测CNS感染，对于提高临床诊断和治疗具有重要意义。