目的探究血清微小RNA-96-5p（miR-96-5p）、长链非编码RNA（LncRNA）肺腺癌转移相关转录本1（MALAT1）与肛瘘术后患者肛门功能及创面愈合的关系。方法选择2022年5月至2024年3月该院收治的135例肛瘘患者为研究对象，根据患者术后创面愈合情况分为甲级创面愈合94例（甲组）、乙级创面愈合41例（乙组）。采用实时荧光定量PCR检测血清miR-96-5p、LncRNA MALAT1水平；Pearson相关性分析血清miR-96-5p、LncRNA MALAT1水平与肛门失禁Wexner评分量表（Wexner评分）的相关性；多因素Logistic回归分析影响乙级创面愈合的因素；受试者工作特征（ROC）曲线分析血清miR-96-5p、LncRNA MALAT1水平对乙级创面愈合的预测价值。结果与术前比较，术后血清miR-96-5p水平显著升高，LncRNA MALAT1水平和Wexner评分显著降低（P＜0.05）；术后血清miR-96-5p与Wexner评分呈负相关（r=-0.535，P＜0.05），LncRNA MALAT1与Wexner评分呈正相关（r=0.517，P＜0.05）；与甲组相比，乙组术前血糖、LncRNA MALAT1水平显著升高，血清miR-96-5p水平显著降低（P＜0.05）；miR-96-5p是影响肛瘘术后乙级创面愈合的独立保护因素，LncRNA MALAT1是影响肛瘘术后乙级创面愈合的独立危险因素（P＜0.05）；血清miR-96-5p、LncRNA MALAT1单独预测肛瘘术后乙级创面愈合的曲线下面积（AUC）分别为0.854、0.805，二者联合预测的AUC为0.920，优于二者单独预测（ZmiR-96-5p-二者联合=2.360、ZLncRNA MALAT1-二者联合=3.027，P均＜0.05）。结论血清miR-96-5p、LncRNA MALAT1水平与肛瘘术后患者肛门功能显著相关，是影响肛瘘术后创面愈合的因素，联合检测对创面愈合有较高的预测价值。