目的探讨血清S100钙结合蛋白（S100）A4、S100A12与新生儿感染性肺炎（NIP）感染类型和预后的关系。方法选取2021年1月至2024年3月内江市第二人民医院收治的NIP患儿300例，根据病原菌类型分为细菌感染组（214例）和非细菌感染组（86例），另选取同期该院150例健康新生儿作为对照组。采用酶联免疫吸附试验检测血清S100A4、S100A12水平。Pearson相关性分析血清S100A4、S100A12与降钙素原（PCT）、白细胞计数（WBC）、白蛋白（Alb）、血小板计数（PLT）的相关性。受试者工作特征（ROC）曲线评估血清S100A4、S100A12、PCT、WBC、Alb、PLT单独与联合应用对NIP细菌感染的鉴别价值。NIP患儿根据预后情况分为不良预后组（63例）和良好预后组（237例）。多因素Logistic回归模型分析NIP患儿不良预后的影响因素，ROC曲线分析各因素预测NIP患儿不良预后的价值。结果细菌感染组血清S100A4、S100A12、PCT、WBC、PLT水平比非细菌感染组和对照组高，Alb比非细菌感染组和对照组低，差异有统计学意义（P＜0.05）。Pearson相关分析显示，NIP患儿血清S100A4、S100A12与PCT、WBC、PLT呈正相关（P＜0.05），与Alb呈负相关（P＜0.05）。ROC曲线分析结果显示，血清S100A4、S100A12鉴别NIP感染类型的曲线下面积（AUC）略低于PCT、WBC、Alb、PLT鉴别NIP感染类型的AUC。多因素Logistic回归分析结果显示，S100A4升高、S100A12升高、PCT升高、细菌感染、肺实变为NIP患儿不良预后的独立危险因素（P＜0.05）。细菌感染、肺实变、PCT、S100A4、S100A12预测NIP患儿不良预后的AUC为0.903，大于细菌感染、肺实变、PCT、S100A4、S100A12水平单独预测的AUC（Z=9.989、9.460、5.514、4.084、4.376，P＜0.001）。结论血清S100A4、S100A12联合传统标志物对NIP感染类型具有一定鉴别价值，血清S100A4、S100A12水平与NIP预后有关。