目的探讨胰腺癌（PC）患者组织FERM结构域蛋白6（FRMD6）、紧密连接蛋白9（CLDN9）表达与临床病理特征及预后的相关性。方法选取2019年9月至2021年9月该院收治的95例PC患者为研究对象，并采集PC患者手术中被切除的癌组织及其癌旁组织。利用免疫组织化学法检测组织中FRMD6、CLDN9表达，采用Kaplan-Meier生存曲线及Log Rank χ 2检验分析PC患者生存情况，采用多因素Cox回归分析影响PC患者预后的因素。结果与癌旁组织比较，PC患者癌组织中FRMD6阳性表达率明显降低（P＜0.05），FRMD6阳性表达患者TNM分期Ⅲ期、淋巴结转移占比明显低于FRMD6阴性表达患者（P＜0.05）。与癌旁组织比较，PC患者癌组织中CLDN9阳性表达率明显升高（P＜0.05），CLDN9阳性表达患者TNM分期Ⅲ期、淋巴结转移占比明显高于CLDN9阴性表达患者（P＜0.05）。FRMD6阳性表达患者3年总生存率（48.00%，12/25）明显高于FRMD6阴性表达患者（8.57%，6/70），差异有统计学意义（Log Rank χ 2=17.944，P＜0.001），CLDN9阳性表达患者3年总生存率（7.35%，5/68）明显低于阴性表达患者（48.15%，13/27），差异有统计学意义（Log Rank χ 2=25.159，P＜0.001）。CLDN9阳性表达、TNM分期Ⅲ期、低分化、淋巴结转移均是影响PC患者死亡的危险因素（P＜0.05），FRMD6阳性表达是其保护因素（P＜0.05）。结论PC患者癌组织中FRMD6呈低表达，CLDN9呈高表达，二者与患者临床病理特征密切相关，是PC患者预后的影响因素。