目的检测非肌层浸润膀胱癌（NMIBC）中N-乙酰基转移酶10(NAT10)、多聚腺苷酸结合蛋白胞质1(PABPC1)表达，分析两者与上皮间质转化（EMT）指标的相关性及预后的关系。方法选取2019年5月至2021年5月该院诊治的122例NMIBC患者。采用免疫组化检测NMIBC癌组织NAT10、PABPC1蛋白表达。采用实时荧光定量聚合酶链反应（qPCR）检测NMIBC癌组织NAT10、PABPC1 mRNA及EMT指标表达。采用Pearson相关性分析与EMT指标［Snail，N钙黏素（N-cad），波形蛋白（Vim）mRNA］的相关性。采用Cox回归分析NAT10、PABPC1与NMIBC预后的关系。结果NMIBC癌组织NAT10 mRNA、PABPC1 mRNA、Snail mRNA、N-cad mRNA、Vim mRNA表达高于癌旁组织，差异有统计学意义（均P＜0.001）。NMIBC癌组织NAT10 mRNA、PABPC1 mRNA与Snail mRNA、N-cad mRNA、Vim mRNA表达呈正相关（r=0.678、0.702、0.711、0.754、0.788、0.663，均P＜0.001）。NMIBC癌组织中NAT10、PABPC1阳性率分别为59.02%（72/122），60.66%（74/122），癌旁组织分别为6.56%（8/122），4.92%（6/122）。NMIBC癌组织中NAT10、PABPC1阳性率均高于癌旁组织，差异有统计学意义（χ 2=76.176，85.995，均P＜0.001）。T1期、高级别NMIBC患者癌组织中NAT10、PABPC1阳性率高于Ta/Tis、低级别患者，差异有统计学意义(均P＜0.05）。NAT10阳性组和阴性组NMIBC患者的3年总无进展生存率为48.61%（35/72）、80.00%（40/50）,差异有统计学意义（Log-rankχ 2=13.780，P<0.001）。PABPC1阳性组和阴性组患者3年总无进展生存率为47.30%（35/74），83.33%（40/48），差异具有统计学意义（Log-rankχ 2=11.830，P=0.001）。T1期、高级别、NAT10阳性，PABPC1阳性是影响NMIBC预后的危险因素。结论NMIBC癌组织中NAT10、PABPC1表达上调，与EMT指标呈正相关，与NMIBC预后显著相关。