目的评估病原菌宏基因第二代测序（mNGS）对于中枢神经系统（CNS）感染的诊断价值。方法选择对2024年1月至2024年11月黄石市中心医院收治的76例疑似CNS感染患者进行回顾性分析，系统收集其临床资料，评估mNGS对CNS感染的诊断性能。通过对比分析mNGS检测结果与临床诊断的一致性，进一步探讨两者不一致的潜在影响因素。结果该研究共纳入76例患者，其中40例确诊为CNS感染，36例为非CNS感染。在病原体阳性检出率方面，mNGS技术的阳性检出率为35.50%（27/76），显著高于传统脑脊液（CSF）微生物培养的9.20%（7/76），差异有统计学意义（P=0.007）。mNGS诊断CNS感染的灵敏度和特异度分别为60.00%和91.67%，其中灵敏度显著高于CSF微生物培养（15.00%）。此外，mNGS的阳性预测值和阴性预测值分别为88.89%和67.35%，均优于CSF培养。mNGS检测结果与临床诊断的总体一致性达到72.37%（55/76），表明其在临床实践中具有较高的诊断价值。值得注意的是，在CSF蛋白浓度>0.65 g/L的亚组中，mNGS检测阳性病例与临床诊断的一致性显著高于阴性病例（90.9% vs. 42.90%，P<0.001）。结论mNGS在CNS感染诊断中较传统CSF培养具有更高的诊断准确性。然而，mNGS结果与临床诊断之间仍可能存在差异。因此，建议在临床实践中将mNGS检测结果与患者的临床表现、影像学特征、其他实验室检查结果以及流行病学背景相结合，进行综合评估，以进一步提高诊断准确性。