目的分析肺泡灌洗液Xpert结核分枝杆菌/利福平耐药检测（MTB/RIF）、宏基因组二代测序（mNGS）与外周血结核感染T细胞斑点试验（T-SPOT.TB）在肺结核诊断中的关系。方法选取2023年1月至2024年12月该院送检肺泡灌洗液Xpert MTB/RIF的患者共2 748例，分析Xpert MTB/RIF阳性，并送检mNGS和（或）T-SPOT.TB患者的检测数据。结果共纳入324例肺泡灌洗液Xpert MTB/RIF阳性患者，同时送检外周血T-SPOT.TB 192例(59.3%)， 肺泡灌洗液mNGS 检测69例(21.3%)。Xpert MTB/RIF阳性且同时送检T-SPOT.TB的192例患者中，不同 Xpert MTB/RIF半定量分级与T-SPOT.TB的A斑点/阳性对照、B斑点/阳性对照、A+B斑点/阳性对照均存在明显关联（P＜0.05）。Xpert MTB/RIF阳性且同时送检mNGS的69例患者中，不同 Xpert MTB/RIF半定量分级与mNGS检出结核DNA序列数及相对丰度存在关联，差异均有统计学意义（P<0.05）；菌量等级越高，mNGS的检出序列数和相对丰度越高。mNGS未检出结核DNA 9例（13.0%），均为Xpert MTB/RIF微量菌量和极低菌量等级。mNGS同时检出其他可疑致病病原体42例（60.9%），特殊病原体6例（8.7%）。结论Xpert MTB/RIF半定量分级与T-SPOT.TB的A斑点/阳性对照、B斑点/阳性对照、A+B斑点/阳性对照，以及mNGS检出结核DNA序列数、相对丰度之间存在关联，临床怀疑肺结核患者，可进行外周血T-SPOT.TB检测，同时根据患者病情选择肺泡灌洗液Xpert MTB/RIF或mNGS作为确诊方法，避免不必要的联合检测。