目的探究食管癌组织同源框基因B9（HOXB9）和SRY相关高迁移率族盒基因4（SOX4）与临床病理特征、预后的关系。方法选取2018年2月至2021年2月在该院接受治疗的食管癌患者100例作为研究对象。采用免疫组织化学法测定HOXB9、SOX4表达。采用Kaplan-Meier法探究食管癌患者食管癌组织HOXB9和SOX4表达与预后之间的联系，采用COX回归模型分析影响食管癌患者预后的因素。结果与癌旁组织相比，食管癌组织HOXB9、SOX4阳性表达率显著升高（P<0.05）。HOXB9、SOX4表达与TNM分期、淋巴结转移情况有关（P<0.05）。随访3年，死亡36例，存活64例，3年总体生存率为64.00%（64/100）。死亡组食管癌组织HOXB9、SOX4阳性表达率高于存活组（P＜0.05）。食管癌组织HOXB9、SOX4阳性表达患者3年生存率显著低于阴性表达患者（P＜0.05）。COX回归模型分析发现，TNM分期、淋巴结转移、HOXB9、SOX4是影响食管癌患者预后的危险因素（P＜0.05）。结论食管癌组织中HOXB9、SOX4阳性表达增加，与患者临床病理特征、预后密切相关。