目的探讨膀胱癌组织微小RNA-99a-5p（miR-99a-5p）、微小RNA-380-3p（miR-380-3p）表达水平及与患者预后的关系。方法选取2019年10月至2021年10月于该院就诊的147例膀胱癌患者为研究组，另选取147例体检健康者为对照组。统计患者术后3年内生存情况，将其分为预后不良组（38例），预后良好组（109例）。采用实时荧光定量PCR检测膀胱癌和癌旁组织及血清miR-99a-5p、miR-380-3p表达水平，绘制Kaplan-Meier生存曲线分析膀胱癌组织miR-99a-5p、miR-380-3p表达水平与患者生存的关系，采用多因素Cox回归分析膀胱癌患者预后影响因素，绘制受试者工作特征（ROC）曲线分析癌组织miR-99a-5p、miR-380-3p表达水平对患者预后不良的预测价值。结果与癌旁组织比较，膀胱癌组织miR-99a-5p表达水平降低（P＜0.05），miR-380-3p表达水平升高（P＜0.05）。与对照组比较，研究组血清miR-99a-5p表达水平降低（P＜0.05），miR-380-3p表达水平升高（P＜0.05）。与预后良好组比较，预后不良组TNM分期为Ⅲ~Ⅳ期、低分化、有淋巴结转移、根治性膀胱切除术、无辅助放化疗比例、癌组织及血清miR-380-3p表达水平较高（P＜0.05），miR-99a-5p水平较低（P＜0.05）。膀胱癌患者3年生存率为74.15%，Kaplan-Meier生存曲线表明，miR-99a-5p高表达组3年生存率为86.30%，高于低表达组的62.16%（χ 2=12.775，P＜0.001），miR-380-3p低表达组3年生存率为82.67%，高于高表达组的65.28%（χ 2=7.006，P=0.008）。Cox回归分析结果表明，TNM分期、miR-99a-5p和miR-380-3p表达水平是膀胱癌患者预后不良影响因素（P＜0.05）。ROC曲线表明，miR-99a-5p、miR-380-3p联合预测膀胱癌患者预后不良的曲线下面积为0.944，大于miR-99a-5p（Z=2.075，P=0.038）和miR-380-3p（Z=2.428，P=0.015）单独预测。结论膀胱癌患者癌组织及血清miR-99a-5p表达水平降低，miR-380-3p表达水平升高，二者联合对患者预后预测效能较高。