目的分析静脉血栓形成高风险人群中PAI-1和MTHFR基因多态性分布，并探讨其临床意义。方法选取2024年1月至2024年10月在该院采用飞行时间质谱检测技术进行静脉血栓基因多态性检测的1 271例患者作为研究对象，根据临床诊断结果分为心脑血管疾病组（709例）、周围血管疾病组（266例）和肿瘤组3组（202例）。另选取同期94例健康志愿者作为对照组。分析各组PAI-1和MTHFR基因型和等位基因频率，比较PAI-1和MTHFR在不同性别和不同疾病患者中的基因多态性，以及不同疾病患者临床血液指标水平。采用多因素Logistic回归分析患者血栓形成的危险因素。结果PAI-1和MTHFR基因分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律（P>0.05），具有群体代表性；PAI-1和MTHFR基因型频率和等位基因频率在男、女性和心脑血管疾病、周围血管疾病、肿瘤患者人群中差异无统计学意义（P>0.05）；心脑血管疾病组PAI-1 5G4G/4G4G 基因型患者的D-二聚体水平高于PAI-1 5G5G的基因型患者（P＜0.05）；3组患者MTHFR C677T CT/TT基因型患者的同型半胱氨酸水平明显高于MTHFR C677T CC基因型患者（P＜0.05）；D-二聚体（OR=1.53）、同型半胱氨酸（OR=1.13）、PAI-1 4G/4G（OR=6.95）、MTHFR C677T TT（OR=4.18）均是血栓事件发生的危险因素（P＜0.05）。结论PAI-1 4G/5G和MTHFR C677T 基因多态性分布与性别和疾病类型无关，PAI-1和MTHFR基因多态性检测对静脉血栓形成高风险人群血栓事件的发生有一定的预测价值。