自贡市重点科技计划(自贡市医学大数据与人工智能研究院协同创新类)项目(2023-YGY-3-03);四川大学-自贡市校地科技合作专项(2022CDZG-27);自贡市卫生健康委员会科研课题(21zd007)
目的构建基于环介导等温扩增(LAMP)技术的快速检测金黄色葡萄球菌的方法,并评估其对金黄色葡萄球菌的检测能力。方法基于“种内保守”与“种间特异”的双准则,采用本地及在线基于局部比对算法的搜索工具,完成了金黄色葡萄球菌特异性基因筛选。使用Primer Explorer V5软件设计了LAMP引物。建立LAMP基础反应体系,并对扩增温度、Mg 2+和dNTP的浓度及孵育时间进行优化。通过向LAMP反应体系中添加羟基萘酚蓝(HNB)以实现扩增结果的可视化检测。使用优化的LAMP反应体系对16株标准菌株进行交叉反应测试,以验证其特异性。提取10倍梯度稀释的金黄色葡萄球菌悬液(3×10 0~3×10 8 CFU/mL)基因组DNA用于LAMP扩增,以测定其检出限。使用LAMP方法检测了180株临床菌株,评价其诊断效能。结果通过多源生物信息学分析,确定了一段金黄色葡萄球菌种属特异性基因(GenBank:CP049389.1;位置434832-435198 bp),并依据该基因设计了LAMP引物并优化了反应条件。优化后的LAMP体系包含1×等温扩增缓冲液,6.0 U Bst 2.0 DNA聚合酶、6.0 mmol/L Mg 2+、1.2 mmol/L dNTP、120 μmol/L HNB、0.2 μmol/L F3与B3、1.6 μmol/L FIP与BIP、0.8 mol/L甜菜碱,DNA模板和ddH2O,反应程序设置为62 ℃孵育60 min。在优化的反应体系中,LAMP对金黄色葡萄球菌检测的特异度为100.0%,检出限为3×10 1 CFU/反应,准确度为96.7%。结论该研究所建立的LAMP技术简单可靠,可作为金黄色葡萄球菌感染的快速诊断工具。
吴川 ,马晓阳 ,王益 ,雷梓秋 ,吴春莉 ,余晓林 △.基于环介导等温扩增技术快速检测金黄色葡萄球菌的方法建立与评价[J].《国际检验医学杂志》编辑部,2026,(6):683-689