目的探讨宫颈人乳头状瘤病毒（HPV）16、HPV52单一亚型感染患者的阴道微生态情况及感染特征。方法选取2023年1月至2025年3月该院收治的105例宫颈HPV16感染患者作为HPV16组，105例HPV52感染患者作为HPV52组，另选取同期105例宫颈HPV阴性患者作为健康对照组。比较3组阴道菌群密集度、菌群多样性、白细胞计数、pH值及解脲支原体（UU）、沙眼衣原体（CT）、阴道毛滴虫（TV）、阴道假丝酵母菌（VVC）感染率。结果HPV16组菌群密集度Ⅰ级和Ⅳ级的比例高于HPV52组和健康对照组，Ⅱ级的比例低于HPV52组和健康对照组，Ⅲ级的比例低于健康对照组，差异均有统计学意义（P＜0.05）。HPV16组菌群多样性Ⅰ级和Ⅳ级的比例高于健康对照组（P＜0.05），Ⅱ级的比例低于HPV52组和健康对照组（P＜0.05）。HPV16组阴道白细胞计数≥5的比例高于健康对照组（P＜0.05），HPV16组阴道pH值≥4.5的比例高于HPV52组和健康对照组（P＜0.05）。HPV16组、HPV52组乙酰氨基葡萄糖苷酶、唾液酸苷酶、脯氨酸氨基肽酶、过氧化氢、白细胞酯酶的阳性比例均高于健康对照组（P＜0.05）。HPV16组、HPV52组的阴道UU、CT、TV、VVC感染率均高于健康对照组（P＜0.05）。结论宫颈HPV16、HPV52单一亚型感染患者均存在阴道微生态失衡和阴道病原微生物感染。相比HPV52，HPV16感染患者更容易出现阴道菌群密集度和多样性紊乱、阴道炎症较重、阴道pH值偏高。