免疫功能障碍患者是重症监护病房（ICU） 感染并发症的高危人群，其感染具有临床表现隐匿、病原体谱复杂（含混合感染、罕见及苛养微生物）、传统诊断手段灵敏度低下等特点，显著增加了诊疗延误与死亡率风险。下一代测序技术（NGS），尤其是宏基因组测序（mNGS），凭借无需预设病原体、高通量解析样本中所有核酸序列的优势，为该人群感染诊断提供了突破性解决方案。该综述系统梳理了 mNGS 在 ICU 免疫功能障碍患者感染诊断中的应用价值，在呼吸道感染中，其对耶氏肺孢子菌、曲霉等机会性病原体的检出率显著优于传统培养与抗原检测；在血流感染及全身性感染中，可快速识别脓毒症相关罕见病原体（如假结核耶尔森菌），并同步分析耐药基因谱；在中枢神经系统感染中，通过脑脊液测序成功确诊弓形虫脑炎、结核性脑膜炎等疑难病例。此外，mNGS 还能通过全外显子测序（WES）辅助诊断遗传性免疫缺陷病（如 MHC Ⅱ 类缺陷），为感染易感机制解析与精准治疗奠定基础。尽管当前 mNGS 面临成本较高、数据分析复杂、结果标准化不足等挑战，但其在提升诊断效率、优化抗菌治疗策略、缩短住院时间等方面的临床获益已得到多项研究证实。未来通过技术革新（如纳米孔快速测序）、流程标准化及多学科协作，mNGS 有望成为 ICU 免疫功能障碍患者感染精准诊断的核心工具，推动该人群感染诊疗模式的革新。