目的利用宏基因组二代测序（mNGS）分析寄生虫感染的病原谱构成，并探讨其与患者临床特征的关系。方法回顾性收集2022年1月至2024年12月经mNGS检出寄生虫患者的临床资料，分析病原谱特征及实验室炎症指标［白细胞介素-6（IL-6）、C反应蛋白（CRP）、降钙素原（PCT）、白细胞计数（WBC）及各类细胞百分比等］，比较原虫与蠕虫感染的差异。结果共检出29例寄生虫，其中原虫占55.2%（16/29），以刚地弓形虫为主（31.3%）；蠕虫占44.8%（13/29），以多房棘球绦虫为主（46.2%）。实验室指标分析结果显示，蠕虫组嗜酸性粒细胞百分比和计数均显著高于原虫组（P<0.01），而CRP、PCT、IL-6其他炎症指标在两组间差异无统计学意义（P＞0.05）。结论mNGS可揭示寄生虫感染的病原谱特征，伴有蠕虫感染时嗜酸性粒细胞明显升高的特点。mNGS联合常规血清学检测可提升诊断准确性，为寄生虫感染的精准诊治提供重要依据。