目的探讨宏基因组二代测序（mNGS）对肾移植术后长期患者并发耶氏肺孢子菌肺炎（PJP）的诊断价值，并分析mNGS确诊的PJP患者与非PJP患者的临床特征差异。方法选取2022年10月1日至2025年6月30日在该院确诊的32例肾移植术后长期并发PJP的患者作为PJP组，29例肾移植术后长期未发生PJP的患者作为非PJP组。对两组样本均进行微生物学常规培养，采用mNGS技术检测两组患者的外周血及痰液样本。收集两组患者肾功能、炎症相关指标等常规实验室检测指标。结果PJP组血尿素氮（BUN）、肌酐（Cr）、胱抑素C（Cys-C）和尿微量白蛋白（U-mALB）水平高于非PJP组（P<0.05）。PJP组肾小球滤过率（EGFR）低于非PJP组（P<0.05）。PJP组患者中，混合感染多种病毒的占比较高。结论mNGS可为肾移植术后长期患者并发PJP的诊断及抗感染治疗提供有价值的信息。肾功能指标可为临床筛查PJP高危人群、制订个性化监测策略提供参考。